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►2014 :
Le lab s'installe à l'Université de Technologie de Graz
►Le
Sun center of Excellence For Visual Genomics est le Centre de
recherche en bioinformatique du de
la Faculté de Médecine de Calgary. La
Bioinformatique recouvre l’étude des données génomiques et post-génomiques au
moyen de calculs, visualisation et modélisation.
Visual Genomics fait partie du programme de Recherche de
Genome Canada qui se consacre à l'élaboration
et à la mise en œuvre d'une stratégie nationale de recherche en génomique et en
protéomique.
 "
Génome
Canada investit et gère des projets de recherche à grande échelle
dans des domaines clés comme l'agriculture, l'environnement, les pêches, la
foresterie, la santé et le développement de nouvelles technologies. Il soutient
également des projets de recherche visant l'étude et l'analyse des enjeux
éthiques, environnementaux, économiques, de droit et de société liés à la
génomique (GE3DS). De plus, il participe, entre autres, au
projet de carte haplotype à l’instar de plusieurs pays, et dont l'objectif
est de développer une carte haplotype du génome humain - "HapMap"
- qui décrira les variations courantes dans la séquence de l'ADN humain. Selon
Génome
Canada, on prévoit que
HapMap deviendra une ressource clé pour les scientifiques à la
recherche des gènes associés à la santé, à la maladie et à la réponse aux
médicaments et à l'environnement. L'information générée par le projet est dans
le domaine public."
DrChristoph Sensen, professeur de
Biochimie et Biologie Moléculaire à l’Université
de Calgary est directeur du
Sun Center of Excellence for Visual Genomics.
►Le laboratoire de
Visual Genomics est l’un des plus
avancés au monde en matière de modélisation du Génome Humain. C’est là que sont
développées des modélisations de segments d’ADN au moyen de la
CAVE Java 3DTM
- acronyme récursif pour Cave Automatic Virtual Environment, système de projection d’images
graphiques dans une réalité virtuelle 3D : organes, cellules, génomes, organismes,….
[La CAVE® a été développée
par Electronic Visualization Laboratory à l’Université de Chicago en tant
qu’outil de visualisation scientifique. Cette technologie s’est imposée
mondialement et est devenue le pinacle des systèmes à immersion dans la réalité
virtuelle. Elle est commercialisée dans les Universités et l’Industrie et
comporte une centaine d’installations dans le Monde]
►L'équipe
Visual Genomics est la première à avoir
appliqué cet outil 3D à la recherche biologique et elle travaille à élargir ses
capacités pour permettre à la CAVE d'importer des données volumétriques en
incluant des images telles que des IRM (image résonance magnétique) ou des
scanners.
►Le projet
:
"D'ores et déjà,
l'équipe travaille sur
un projet de modélisation quadridimensionnelle - trois dimensions spatiales, la
quatrième dimension étant le temps.
Avec son
équipe,
Christoph Sensen s’emploie à trouver les moyens de visualiser les masses prodigieuses de
données créées par les technologies de la génomique, et de
modéliser les modèles des maladies génétiques par la création de modèles
virtuels entièrement intégrés de tous les aspects de la maladie.
Ce projet permettra aux chercheurs de
«plonger» directement dans un
organisme, de «voir» le fonctionnement intrinsèque de son génome et d’étudier
la façon dont les changements génétiques influencent l’organisme au fil du
temps. De plus, ils pourront naviguer dans les données environnantes dans un
paysage virtuel et interagir avec les données de manière conviviale.
Les modèles virtuels de tous les aspects de la maladie comprendront les
renseignements médicaux, des données d’imagerie de pointe, des résultats de
tests comme des biopsies et des données sur l’expression des gènes, et
finalement de l’information sur la structure, la fonction et les interactions
des protéines.
Le laboratoire possède une
puissance computationnelle exceptionnelle qui devrait lui permettre de réaliser
avec succès ce nouveau projet quadridimensionnel. L’équipe prévoit ainsi de faire
progresser la recherche en génomique, tout en mettant sur pied une société qui
commercialisera les services quadridimensionnels dans l’industrie pharmaceutique
internationale".
Ces technologies
prometteuses sont en plein essor dans la recherche et l’industrie. Elles sont
l’aube d’une nouvelle génération et feront appel à l’excellence en matière de
mathématiques et informatique appliquées à la Science.
Si l'aspect ludique que l’on
peut trouver à travailler dans un tel environnement vous a échappé, alors entrez
maintenant dans la
CAVE®
... c'est Sensentionnel !
Pierre-Guillaume
Gourio-Jewell
http://www.visualgenomics.ca/~pjewell
2005 Summer
student and "happy fellow slave" at Visual Genomics,
University of
Calgary, Alberta Canada
Sources : Visual Genomics, Genome Canada, HapMap
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